Efter nogle forsøg og fejl kom jeg op med følgende forespørgsel, der gør, hvad jeg har brug for. Grundlæggende adskiller jeg tal fra enden af strengen og fjerner så mange tegn, før jeg adskiller det næste tal. Kolonnen version1 er begrænset til positive 2-cifrede tal, men det er en begrænsning, som jeg kan leve med i mit tilfælde.
SELECT
IF(CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL) > 0,
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),2) AS DECIMAL),
CAST(RIGHT(SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -3)) - 1), '.', -1),1) AS DECIMAL)) AS version1,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -2)) - 1), '.', -1) as version2,
SUBSTRING_INDEX(LEFT(version,CHAR_LENGTH(version) - CHAR_LENGTH(SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1)) - 1), '.', -1) as version3,
SUBSTRING_INDEX(version, '.', -1) as version4
FROM Version
HAVING version1 >= 5
;