Det kan betyde, at MYSQL er nede, eller at du bruger det forkerte værtsnavn, mens du opretter forbindelse. En mere mulig grund til det kunne være forskellen i socket-konfigurationen af php mod mysql, du kan tjekke det ind ved at se på entry socket i mysql config. fil og ved at se på output fra phpinfo(), skal du bare sammenligne det. Eller det kan være, at en anden på din maskine også bruger det stik.
PS. Samt mit vilde gæt, gå din kode igennem og tjek, at du altid får din forbindelse tæt på og alle dine forespørgsler også.