Det var sandsynligvis en korruption af InnoDB-dataene. Jeg tilføjede
innodb_force_recovery = 2
til my.ini, genstartede databasen, og jeg var i stand til at dumpe alle data og gendanne dem.
Vær opmærksom på at bruge dette, læs dokumentationen før: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html