MySQL (eller SQL Server, Oracle, DB2 osv.) er databasemotorer:de er specifikke applikationer, der blev bygget til datalagring og -behandling, og er meget gode til at gøre det; de kan også køre på en anden server end den, hvor dit hovedprogram er, hvilket giver mulighed for belastningsdeling.
XML-filer er blot tekstfiler, der er gemt på din maskine eller en anden; de skal læses, analyseres og skrives til, og kun dit program kan gøre det. De er også virkelig, virkelig ineffektive på grund af deres tekstnatur:læsning og parsing af en tekstfil er meget langsom, og det er endnu værre at ændre den.
XML-filer er gode til at gemme konfigurationsindstillinger og overføre data mellem forskellige systemer, men datalagring og -behandling bør helt sikkert leve i et ordentligt DBMS.
Desuden obligatorisk Joel Spolsky-reference .