MySQL er ikke en indlejret database - den eneste JAR relateret til den er JDBC-driveren. Det kræver en installationsproces, som muligvis kan scriptes via Java, men processen vil helt sikkert fungere uden for den Java-applikation, du har til hensigt at understøtte. Det betyder, at du kan slukke for din Java-applikation, men MySQL-tjenesten/dæmonen vil stadig køre.
Kun libmysqld kan integreres.
Der er indlejrede databaser - SQLite, Firebird - og indlejrede databaser lavet i Java - HSQL, Derby/(kan ikke huske hvad det hed før). Jeg mener, at SQL Server Compact Edition kan integreres, mens SQL Server Express/MSDE ikke er det. Jeg ved ikke, om Oracle har en indlejrbar version...