--link flag betragtes som en ældre funktion, bør du bruge brugerdefinerede netværk.
Du kan køre begge containere på det samme netværk:
docker run -d --name php_container --network my_network my_php_image
docker run -d --name mysql_container --network my_network my_mysql_image
Hver container på det netværk vil være i stand til at kommunikere med hinanden ved at bruge containernavnet som værtsnavn.