Advarsler er netop det:advarsler. De bliver rapporteret til (normalt) stderr, men intet andet bliver gjort. Du kan ikke fange dem som undtagelser, fordi de ikke bliver opdraget.
Du kan dog konfigurere, hvad du skal gøre med advarsler, og slå dem fra eller forvandle dem til undtagelser ved hjælp af warnings modul. For eksempel warnings.filterwarnings('error', category=MySQLdb.Warning) for at slå MySQLdb.Warning warnings i undtagelser (i hvilket tilfælde de ville blive fanget ved at bruge din try/except) eller 'ignore' slet ikke at vise dem. Du kan (og burde nok) have flere finkornede filtre end bare kategorien.