MySQL-serveren er gået væk - på præcis 60 sekunder

php-muligheden mysql.connect_timeout er årsagen til dette. Det bruges ikke kun til forbindelsestimeout, men også til at vente på det første svar fra serveren. Du kan øge det sådan her:

ini_set('mysql.connect_timeout', 300);
ini_set('default_socket_timeout', 300);