Du har ret, System.Data er der ikke (jeg ledte efter det samme, da jeg først begyndte at rode rundt med WinRT). Du vil heller ikke kunne henvise til det. Hvis du vil tale med en SQL-database, skal du bruge en anden protokol (WebService, SOAP, WCF osv.).
Der er tilgængelige porte til SQLite, som ser ud til at virke, hvilket vil give dig en lokal DB-indstilling, men ikke en serverbaseret uden at bruge en form for mellemmand til at komme til DB'en.
Som en sidebemærkning ville jeg personligt gerne have set en stationær Metro-app, der for eksempel kunne oprette forbindelse til en SQL Express-database, men den er ikke i kortene i øjeblikket uden at springe gennem bøjler.