Jeg stødte på nøjagtig den samme adfærd:
Jeg bruger både Oracle XE og MS SQL Server Express på min Windows 7 64bit pc - jeg opgraderede til java 1.6.0_29 fra 1.6.0_27 (x64-versionen) og var overrasket over at se, at de samme programmer kunne oprette forbindelse til Oracle XE, men ikke til MS SQL Server...
Jeg sporede problemet til javax.sql.DataSource.getConnection() hvor den hang for evigt - fordi dette kun er en grænseflade, rejste jdbc-driverne min mistanke...
Jeg bruger MS SQL Server JDBC Driver 3.0.1301.202, og jeg opdaterede endda til SQL Server CTP ("fællesskabstekniske forhåndsvisning") 4.0.1722.1, fordi min mistanke var, at det skulle gøre noget med jdbc-driveren - men uden held :hænger stadig!
Min løsning var at nedgradere til 1.6.0_27 og -- bang:alt var fint igen!
venlig hilsen Erik