Sådan finder du relation fra Snomed Postgres SQL-database

Ifølge NHS CT-browser , som måske ikke er tilgængelig overalt, 93880001 har tre forældre:

Malign tumor i lungen (lidelse)
Primær malign neoplasma i intrathoraxorganer (lidelse)
Primær malign neoplasma i luftvejene (lidelse)

og 31 børn:

Carcinom af lungeparenkym (lidelse)
Epithelioid hæmangioendotheliom i lunge (lidelse)
Non-Hodgkins lungelymfom (lidelse)
Ikke-småcellet lungekræft (lidelse)
og så videre...

Måden at finde højere og lavere niveauer af hierarkiet på er at bruge relationship_f.sourceid og relationship_f.destinationid . Raw-tabellerne er dog ikke brugervenlige, så jeg vil foreslå at lave nogle synspunkter. Jeg har taget koden fra Oracle .sql-filerne i dette GitHub-repo.

Først laver vi en visning med koncept-id'er og foretrukne navne:

create view conceptpreferredname as
SELECT distinct c.id conceptId, d.term preferredName, d.id descriptionId
FROM postgres.snomedct.concept_f c
inner JOIN postgres.snomedct.description_f d
  ON c.id = d.conceptId
  AND d.active = '1'
  AND d.typeId = '900000000000013009'
inner JOIN postgres.snomedct.langrefset_f l
  ON d.id = l.referencedComponentId
  AND l.active = '1'
  AND l.refSetId = '900000000000508004'  -- GB English
  AND l.acceptabilityId = '900000000000548007';

Så laver vi et syn på relationer:

CREATE VIEW relationshipwithnames AS
SELECT id, effectiveTime, active,
    moduleId, cpn1.preferredName moduleIdName,
    sourceId, cpn2.preferredName sourceIdName,
    destinationId, cpn3.preferredName destinationIdName,
    relationshipGroup,
    typeId, cpn4.preferredName typeIdName,
    characteristicTypeId, cpn5.preferredName characteristicTypeIdName,
    modifierId, cpn6.preferredName modifierIdName
from postgres.snomedct.relationship_f relationship,
    conceptpreferredname cpn1,
    conceptpreferredname cpn2,
    conceptpreferredname cpn3,
    conceptpreferredname cpn4,
    conceptpreferredname cpn5,
    conceptpreferredname cpn6
WHERE moduleId = cpn1.conceptId
AND sourceId = cpn2.conceptId
AND destinationId = cpn3.conceptId
AND typeId = cpn4.conceptId
AND characteristicTypeId = cpn5.conceptId
AND modifierId = cpn6.conceptId;

Så en forespørgsel om at udskrive navnene og id'erne for de tre overordnede koncepter ville være:

select *
from relationshipwithnames r
where r.sourceId = '93880001'
and r.active = '1'
and r.typeIdName = 'Is a';

Bemærk, at dette faktisk returnerer tre ekstra koncepter, som online SNOMED-browseren mener er forældede. Jeg er ikke sikker på hvorfor.

For at udskrive navne og id'er for underordnede koncepter skal du erstatte destinationId med sourceId :

select *
from relationshipwithnames r
where r.destinationId = '93880001'
and r.active = '1'
and r.typeIdName = 'Is a';

Bemærk, at dette faktisk returnerer seksten ekstra koncepter, som online SNOMED-browseren mener er forældede. Igen, jeg kan ikke finde en pålidelig måde at udelukke kun disse seksten fra resultaterne.

Herfra er forespørgsler om at få bedsteforældre og børnebørn ligetil.