Jeg fandt ud af problemet. Du kan kun bruge db init, migrere, opdatere scripts, efter at db.create_all() er færdig.
Detaljer kan findes her:
http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/quickstart/
Hvis du får følgende fejlmeddelelse:
No application found. Either work inside a view function or push an application context.
Tjek følgende artikel:http://flask-sqlalchemy.pocoo.org/2.3/contexts /