Du kan bruge dette:http://www.ozerov.de/bigdump/
Eller
Brug denne kommando til at opdele sql-filen
split -l 5000 ./path/to/mysqldump.sql ./mysqldump/dbpart-
Split-kommandoen tager en fil og opdeler den i flere filer. -l 5000 delen fortæller den at opdele filen hver femtusinde linier. Den næste bit er stien til din fil, og den næste del er stien, du vil gemme outputtet til. Filer vil blive gemt som det filnavn, du angiver (f.eks. "dbpart-") med tilføjet en alfabetisk bogstavkombination.
Nu skulle du være i stand til at importere dine filer én ad gangen gennem phpMyAdmin uden problemer.
Mere info http://www.webmaster-source.com/2011/09/26/how-to-import-a-very-large-sql-dump-with-phpmyadmin/