Fremmednøgler i MyISAM er kun til vejledende formål. Du kan se på dem for at se, hvor den referentielle integritet ville være, hvis der var nogen. Det er lettere at forstå skemaet på den måde end at gætte relationer ved at se på de indekser, der er oprettet som en bivirkning.
Jeg ved ikke, hvorfor det ville forsvinde i phpMyAdmin, medmindre det er et konfigurationsproblem (jeg tror, at visningen kan deaktiveres)?