Der er en patch til phpMyAdmin, som giver konfigurerbar logning med kun nogle simple kodeændringer.
Vi gjorde dette på mit arbejde, og så finjusterede jeg det yderligere for at logge ind på mapper om dagen, logge IP-adresser og et par andre ting, og det fungerer godt.
Tak @Unreason for linket, jeg kunne ikke huske, hvor jeg fandt det.