Jeg havde det samme problem og lavede en letvægts PHP-klasse til formatering/syntaksfremhævning.
https://github.com/jdorn/sql-formatter
Jeg har ikke testet det fuldt ud med komplekse forespørgsler (undervalg, fagforeninger osv.), men det ser ud til at fungere ret godt til almindelige sager.
For at få helt nøjagtige resultater har du virkelig brug for en fuld SQL-parser, som phpMyAdmin bruger, men den bruger mere end 10.000 linjer kode spredt ud over mange filer og er sandsynligvis overkill til simpel debugging.