Jeg er ikke sikker på, om du vil have det ved at bruge MongoDB-scripts eller dit app-sprog (Nodejs, hvis jeg tager fejl)
Sådan fungerer det på Mongo Shell Script
db.MODEL.find( { _id: DOCUMENT_ID },
{ inbox: { $elemMatch: { _id: MESSAGE_ID } } } )
Hvis dette ikke er, hvad du ønsker, så opdater venligst dit indlæg og tilføj hvilket sprog/framework du bruger