Du behøver ikke gemme mellemliggende filer, du kan overføre output fra s3-fil til stdout, og du kan få input til mongoimport fra stdin.
Din fulde kommando ville se nogenlunde sådan ud:
s3cmd get s3://<yourFilename> - | mongoimport -d <dbName> -c <collectionName>
bemærk - som siger send filen til stdout snarere end til et filnavn.