Besvarer mit eget spørgsmål!
Så ud til at være noget fjollet, der skete med bryginstallationen af MongoDB. Manuel geninstallation fra http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ og derefter gendannelse af min sikkerhedskopierede database syntes at gøre det trick.
Jeg ville stadig gerne vide fra et kode/teknisk synspunkt, hvorfor mit miljø pludselig besluttede at begynde at returnere 12-byt BSON ObjectID i stedet for det Hexadecimal ObjectID... men indtil da vil en simpel manuel geninstallation hjælpe andre der støder på dette mærkelige problem!