Dette skyldes, at den måde, du skrev forespørgslen på, hvilket betyder, at den skal matche det givne regex
forespørgsel med alle beståede parameter som og (&&) operation. Hvad du kan gøre er at lave og eller(||) operation med alle de påkrævede felter.
Her kan du prøve eksempelkoden.
db.users.find({
"$or": [
{ name: { '$regex': query, '$options': 'i' } },
{ ref: { '$regex': query, '$options': 'i' } }
]
}).then((users) => {
res.json(users);
});