Jeg kan heller ikke se nogen anden måde, jeg implementerede sådan noget før og havde ikke et problem.
På dit tilfælde burde det være sådan her, du sender visse brugeres $follower_ids array som et argument til din funktion:
$query = array("status_owner_id" => array('$in' => $follower_ids));
$cursor = $mongo->yourdb->statuses->find($query);
Og hvis du indekserer statusser (hvis du har nok ram til at gøre det) ved ejer_id, vil du få resultaterne virkelig hurtigt.
Håber det hjælper, Sinan.