Det viser sig, at anbringelse af den downloadede mongodb-database i den synkroniserede mappe mellem værtsmaskinen og den virtuelle maskine forårsagede en eller anden form for tilladelsesproblem eller konfigurationsproblem.
Når du tager den ud af den synkroniserede mappe - som højst sandsynligt har Vagrantfilen - og lægger den i en mappe, der ikke er synkroniseret/delt, ser den ud til at fungere fint. Tænkte id spare nogen de 5 timer jeg spildte :-)