I sidste ende er du forkludret. Der er ingen måde (i mongodb) for at garanti dataintegritet i et sådant scenarie, da det mangler relationer i almindelighed og fremmednøgler i særdeleshed. Og der er ingen mening i at opbygge kontrol på applikationsniveau. Uanset hvor komplicerede de er, kan de stadig fejle (derfor "ingen garanti").
Så det er enten indlejring (så relaterede data altid er der, lige i dokumentet) eller at opgive håbet om konsistente data.