Jeg stødte lige ind i et lignende problem i min kode. For mit vedkommende havde jeg at gøre med et objekt i mit brugerdokument. Jeg var nødt til at køre en user.markModified('object') før user.save() for at sikre, at ændringerne blev gemt i databasen. Min kørende teori er, at Mongoose ikke sporede elementer frakoblet eller fjernet fra databasen automatisk
