Dette spørgsmål kan være gammelt, men jeg oplevede det samme problem og fandt en anden løsning, der kunne fungere for andre.
Tilføjer ?authSource=admin til slutningen af din MONGO_URI variabel vil godkende dine legitimationsoplysninger mod administratordatabasen i stedet for den, du opretter forbindelse til.
Eksempel:app.config["MONGO_URI"] = "mongodb://username:[email protected]:port/db_name?authSource=admin"