På grund af din slags:
db.companies.find({exchange: 'OTC'})
Det er naural sortering, og da din opdatering højst sandsynligt ikke er på plads for disse 1.100, får det nogle dokumenter til at flytte til slutningen af MongoDB interne linkede lister, som er standard sorteringsrækkefølgen; som sådan får du duplikerede dokumenter.
Sorter din forespørgsel med noget som _id eller hvad som helst, bare noget.