Når du laver en indledende synkronisering fra bunden på en sekundær, skriver den alle data friske. Dette fjerner polstring, tom plads (slettede data) osv. Som følge heraf ligner det i den henseende at køre en reparation.
Hvis du kørte en reparation på den primære (blokerende operation, skal kun udføres, hvis det er absolut nødvendigt), så ville de to være langt tættere på alt i alt.
Hvis du tjekker output fra db.stats() du bør se, at de forskellige databaser har det samme antal objekter, forskellene i databibliotekets størrelse er ikke noget at bekymre sig om.