Ok, jeg har fundet løsningen til at få base64-strengen ind i et GUID-format i node, for at konvertere den skal dette gøres:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
og nu kan jeg forespørge databasen sådan her:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});