Mongodb-webstedet har dokumentation for, hvad du skal gøre (kun i nødstilfælde), når du skal rekonfigurer et replikasæt, når medlemmerne er nede . Det lyder som den situation, du er i.
Grundlæggende, hvis du er på version>=2.0, og det er en nødsituation, kan du tilføje force: true til replikasæt-konfigurationskommandoen.