Du sammenligner to forskellige ting. moment() angiver tid i lokal tidszone og Date.now er tid i UTC. Den eneste grund til, at mongoose har den måde, er fordi mongo db gemmer den på den måde. Her kræves ingen rettelse.
Bare konverter den hentede mangustdato tilbage til lokal tidszone ved hjælp af øjebliksbiblioteket.