Husk, at mongodb kun kan bruge ét indeks pr. forespørgsel (det vil ikke slå indeks sammen for at lave en forespørgsel på to felter, der har separate indekser hurtigere).
Når det er sagt, hvis du vil prøve at tjekke for unikhed, kan du lave en forespørgsel fra appen, før du indsætter (hvilket kun delvist løser problemet, fordi der er et hul mellem, hvornår du forespørger, og hvornår du indsætter).
Du vil måske stemme om dette JIRA-problem for filtrerede indekser, hvilket sandsynligvis vil hjælpe din brugssituation: https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-785