Du har ret, eventuelle DBRef'er hentes ivrigt, men de gemmes ikke ivrigt (AFAIK). Hvis A har en reference til B, når du gemmer A, gemmer Spring Data/MongoDB ikke automatisk B, det skal du.
// Incorrect, upon retrieval a.getB() == null
A a = new A();
a.setB(new B());
repositoryA.save(a);
// Correct (to the best of my knowledge)
B b = repositoryB.save(new B());
A a = new A();
a.setB(b);
repositoryA.save(a);