Ja - du kan bruge en variation af den strategi, der bruges til at oprette et nyt indeks i et replikasæt uden nedetid. Dette vil kræve, at det skjulte medlem tages off-line, mens indekset/indekserne oprettes.
Her er linket til strategien:http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/build-indexes-on-replica-sets/#procedure
I dit tilfælde vil du tage det skjulte medlem off-line og genstarte i en selvstændig tilstand (fjern --replSet-indstillingen og brug et andet portnummer). Når medlemmet er isoleret, kan du justere indekserne (fjern unødvendige og tilføje nye). Når indekserne er oprettet, genstart medlemmet med den gamle port og --replSet mulighed.
Det skjulte medlem synkroniseres igen til replikasættet, og du er klar.