Svaret på dit spørgsmål er "ja, men...".
Det er muligt at have et medlem kaldet Id som ikke er knyttet til elementet _id. For eksempel:
public class X {
[BsonId]
public ObjectId MyId;
}
public class Y : X {
public string Id;
}
Men i et klassehierarki skal _id-medlemmet være i roden af hierarkiet (med andre ord, alle medlemmer af hierarkiet skal være enige om at bruge det samme _id).