Måske skulle du bruge "$set" i din opdateringsforespørgsel som denne :
{$set: {"name": req.body.name}}, // Update
Mere information i dokumentationen
REDIGER
Hvis det ikke virker, skyldes det sandsynligvis, at der ikke er nogen match med dit filter.
Måske skulle du prøve at matche med et ObjectId som dette :
var ObjectID = require('mongodb').ObjectID;
// In your request
{ "_id": ObjectID(req.body._id)}, // Filter
Håber det hjælper.