Det er ikke et problem med MongoDB, men du fandt ud af, hvordan HTML fungerer :)
Når du indsender et tekstområde, er alle linjeskift blot nye linjetegn sendt til serveren (\n eller \r\n ). De gemmes i databasen, som de er.
I HTML ignoreres nye linjer dog og betragtes som mellemrum, når de repræsenterer tekst (medmindre du pakker det ind i en <pre></pre> blokere).
Løsningen er at erstatte alle \n med <br /> tags. Hvis du er bekendt med PHP, ville det være at bruge nl2br funktion, som er blevet overført til JavaScript her:http://phpjs.org/functions/nl2br/