Prøv $unset i et opkald til update() .
Sådan:
db.collection_name.update({ _id: 1234 }, { $unset : { description : 1} })
Og, som vikneshwar kommenterede, hvis du vil fjerne et felt fra alle (eller flere) dokumenter, kan du bruge updateMany() sådan her:
db.collection_name.updateMany({}, { $unset : { description : 1} })