Ja, du kan få listen over eksisterende databaser. Fra Java-driveren kunne du gøre noget som dette for at få databasenavnene på en mongod server, der kører på localhost
Mongo mongo = new Mongo( "127.0.0.1", 27017 );
List<String> databaseNames = mongo.getDatabaseNames();
Dette svarer til mongo shell "vis dbs" kommandoen. Jeg er sikker på, at lignende metoder findes i alle driverne.