Det du laver er den bedste og mest optimale måde at gøre det på i Mongo. Jeg er i en lignende situation, og efter at have gennemgået alle mulige implementeringer af N:M-designmønsteret, er jeg også nået frem til den samme løsning.
Tilsyneladende er dette ikke en mongodb-ting, men mere et koncept af NoSQL, hvor jo mindre skiftende data (kurser) kan opbevares separat. Og da sletning af et kursus ikke vil være en meget hyppig operation, er det muligt nok til at gennemgå alle registreringerne for at fjerne det.
På den anden side kunne du lade det være, som det er. I din ansøgningslogik skal du bare ignorere værdierne for kurser i Student-dokumentet, som slet ikke har et reference_id i kursusdokumentet. Men i så fald skal du sikre dig, at gamle slettede Course_id'er ikke bliver genbrugt.
ELLER brug bare de slettede flag på kursusdokumentet og håndtere alt andet i din ansøgningslogik.