.0, .1 filerne er datafiler. Hver datafil er forhåndstildelt til en bestemt størrelse. (Dette gøres blandt andet for at forhindre filsystemfragmentering.) Det første filnavn for en database er .0, derefter vil .1 osv. .0 være 64MB, .1 128MB osv., op til 2GB. Når filerne når 2 GB i størrelse, er hver efterfølgende fil også 2 GB. Information om datafiler kan findes her:
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Excessive+Disk+Space
".ns"-filerne er navneområdefiler. Hver samling og indeks tæller som et navneområde. Hvert navneområde er 628 bytes, .ns-filen er 16 MB som standard.
Så hvis hver samling havde ét indeks, kan vi oprette op til 12.000 samlinger. Parameteren --nssize giver dig mulighed for at øge denne grænse.
Den maksimale .ns-filstørrelse er 2 GB.