Jeg løste problemet ved at installere den ældre version af mongodb på et system, hvor det ikke var et problem at få det færdigpakket (nå, Windows 10, selvom det officielt er angivet, at pakken er til Windows Server 2008), kopiering databasefiler (indhold af /var/lib/mongodb ) der og kører den med --dbpath param (mongod --dbpath /path/to/dbfiles ), indstille kompatibilitetsflaget i henhold til dokumenterne og til sidst kopiere db-filerne tilbage til serveren.
Vil gerne vide mere om en bedre mulighed, men det er godt at vide, at db-filerne nemt kan overføres til et andet system, endda en anden arkitektur (db'en var dog forholdsvis enkel og lille).