Det er helt fint at gemme enum-værdier i MongoDB som strenge, og ja, hvis du indekserer feltet, ville jeg forvente, at ydeevnen er sammenlignelig med indekserede heltalsforespørgsler. Det er bestemt mere udtryksfuldt end at bruge heltal.
Den eneste reelle ulempe er, at de vil tage mere plads, hvis dine enum-strenge er noget lange, men det er en ret triviel bekymring.