Du kan gøre dette ved at bruge $where:
db.coll.find( { $where: "this.field1 > this.field2" } );
Men:
Javascript kører langsommere end de oprindelige operatører, men det er meget fleksibelt
Hvis ydeevne er et problem, er det bedre at gå efter den måde, som @yi_H.
har foreslået