Der er en distinct kommando i mongodb, der kan bruges sammen med en forespørgsel. Jeg tror dog, at dette blot returnerer en særskilt liste over værdier for en specifik nøgle, du navngiver (dvs. i dit tilfælde vil du kun få id-værdierne returneret), så jeg er ikke sikker på, at dette vil give dig præcis, hvad du ønsker, hvis du brug for hele dokumenterne - du kan kræve MapReduce i stedet.
Dokumentation om distinct:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Aggregation#Aggregation-Distinct