Der er i øjeblikket ingen måde at filtrere på indlejrede dokumenter på den måde, du beskriver. Brug af punktnotationen giver dig mulighed for at matche på et indlejret dokument, men hele dokumentet, forælder og det hele, vil stadig blive returneret. Det er også muligt at vælge, hvilke felter der skal returneres, men det hjælper heller ikke rigtigt på din sag.
Vi har en "virtuelle samlinger", som ville implementere den ønskede funktionalitet; Stem gerne om det:
http://jira.mongodb.org/browse/SERVER-142
I mellemtiden bør du nok behandle kommentarer som deres egen samling. Generelt, hvis du skal arbejde med et givet datasæt alene, skal du gøre det til en samling. Hvis det bedre er opfattet som en del af et andet sæt, er det bedre at integrere.