mysql-server (uanset hvilken version) afhænger af andre pakker (i dit tilfælde mysql-community-libs mysql-community-server)
Når det er installeret i første omgang med den gamle version, er disse ting installeret. Når du "afinstallerer" mysql-server, fjernes disse afhængigheder IKKE.
Når du prøver at installere den nye version, vil disse stadig eksisterende pakker være i konflikt med den nye pakke. Det er ligegyldigt, om de faktiske filer i pakken er der, det er pakken, og det er en liste over, hvad man kan forvente, der er i konflikt.
For at løse dit problem, find ud af, hvad afhængighederne af mysql-server var, og afinstaller dem, før du forsøger at installere.
Dette svar https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package kan være af interesse for at finde ud af, hvad mysql-server afhænger af