Prøv mysql_fetch_assoc:
$json = array();
while ($row = mysql_fetch_assoc($result)) {
$json[$row['uid']] = array(
'lat' => $row['lat'],
'lon' => $row['lon'],
'loc' => $row['loc']
);
}
echo json_encode($json);
Du bør bruge MySQLi eller PDO_MySQL i stedet for mysql_.