Jeg har haft samme problem. Den udbyder, jeg blev tvunget til at bruge, havde kun MyISAM, og jeg udviklede i InnoDB. Det er muligt at migrere, da det ser ud til, at MyISAM ignorerer alle de FK-kommandoer, du bruger, når du opretter skemaet.
Jeg brugte en simpel eksport fra Mysql workbench og importerede skema og indhold i fjernværten.
Jeg tror, at databasens begrænsninger ville blive holdt, da jeg udviklede og testede ved hjælp af InnoDB med FK-kontrol. Hvis din kode er solid, bør risikoen være minimal for, at databasen mister integritet. Men der kan selvfølgelig være tilfælde af uforudsete problemer med nøglerne, hvis du ikke klarer nogle begrænsninger i din kode.
En oversigt over InnoDB og MyISAM lagringsmotorer kunne give dig svaret, hvis du har stolet på noget andet, der adskiller de to.