Løsning:
For dem, der stod over for det samme problem - her er, hvad jeg fandt. Jeg kørte show variables like 'datadir' og fandt ud af, at mine datafiler er gemt i en anden mappe:C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.5\data\
og jeg erstattede filer i mappen C:\Program Files... oprindeligt. Der var også de nødvendige filer til stede.
Så til sidst gik alt fint.