Jeg kender ikke graden af ren Python du vil bruge til kopien, men du kan bare uddelegere hele røroperationen til skallen.
subprocess.Popen('mysqldump -h localhost -P 3306 -u -root mydb | mysql -h localhost -P 3306 -u root mydb2', shell=True)
Dette burde fungere på samme måde, som det virker, når du kører det på skallen.